Carlos Alberto Presti nació en Buenos Aires el 23 de junio de 1966.​ Surgió de la promoción 118 del Colegio Militar, egresada en 1987. Hijo de Roque Carlos Alberto Presti, militar y exjefe a cargo de la Policía bonaerense acusado y procesado de delitos de lesa humanidad cometidos durante la última dictadura, quien finalmente quedó impune gracias a la "Ley de Obediencia Debida".

Presti hijo ingresó al Colegio Militar de la Nación el 14 de febrero de 1984 y el 17 de diciembre de 1987 egresó como subteniente del arma de infantería con orden de mérito 13 sobre 115 graduados de la promoción 118 de dicha academia de formación de oficiales del Ejército Argentino.

Ocupó los cargos de jefe del Regimiento de Asalto Aéreo 601, comandante de la IV Brigada Aerotransportada y director del Colegio Militar. Estuvo presente en misiones de paz en Haití y, desde el 15 de septiembre de 2017, fue agregado de la Embajada Argentina en Guatemala con extensión sobre El Salvador, Honduras y Nicaragua, durante la presidencia de Mauricio Macri.

Siendo Coronel, fue nombrado subdirector del Colegio Militar de la Nación el 19 de diciembre de 2019​ y posteriormente, el 14 de diciembre de 2020, como director, cargo que ejerció hasta el 17 de febrero desde 2022. Desde el 23 de diciembre de 2020, fue distinguido con el grado de Coronel Mayor.

Tras ser enviado su pliego de ascenso y obtener el visto bueno de la Comisión de Defensa del Senado de la Nación, el 25 de noviembre de 2021 fue promovido a General de Brigada (con fecha retroactiva al último día del año 2020) por intermedio del decreto 816/2021 rubricado por el presidente Alberto Fernández.

Desde el 29 de diciembre de 2023, el presidente Javier Milei lo designó como Jefe del Ejército Argentino. Previamente a esta designación, Carlos Presti era, desde inicios de 2023, Jefe de la IV Brigada Aerotransportada, con asiento en Córdoba. Fue promovido a general de división por decreto del poder ejecutivo con fecha 16 de julio de 2024.​ El 5 de marzo de 2025 fue promovido a teniente general con fecha 2 de enero de 2024.

El 22 de noviembre de 2025, el presidente Milei lo designó como ministro de Defensa, en reemplazo de Luis Petri, quien deja el cargo para asumir como diputado nacional. Por decreto 869/2025 del 8 de diciembre de 2025 se hizo oficial su designación, con vigencia a partir del 10 de diciembre de 2025. En el mismo acto, se dispuso su pase a situación de disponibilidad a partir del 10 de febrero de 2026, y a situación de pasiva a partir del 10 de junio de 2026, en los términos de la ley para el personal militar.