Creado como intendencia en el año 1785, en su territorio el 2 de marzo de 1811, en aguas del río Paraná, se produce el primer combate naval del gobierno patrio al enviar la Junta de Gobierno de Buenos Aires a Manuel Belgrano como general de una escuadra naval al mando del capitán Azopardo. Desde sus orígenes recibió el nombre de San Nicolás de los Arroyos, debido a la capilla y el agregado "de los arroyos" que se encontraban en el lugar. La conformación del pueblo tuvo como base al de las Hermanas, creado por el gobernador de Buenos Aires, Hernando Arias de Saavedra. "Las Hermanas", como se lo denominaba comúnmente, pasó a formar parte del territorio del primitivo partido y lo integró hasta la creación del partido de Ramallo, en 1864, en cuya jurisdicción se encuentra desde entonces, aunque ya desaparecido como pueblo. El partido de San Nicolás de los Arroyos tuvo sucesivos desmembramientos en 1784, 1785 y 1864. El 23 de noviembre de 1819 se le concedió el título de ciudad.