Nació el 2 de abril de 1959 en CABA, es egresado de la Universidad de Buenos Aires, fue profesor de dicha entidad y conjuez del juzgado federal de San Isidro​.

Durante el gobierno de Raúl Alfonsín fue director de sumarios y subdirector general de Asuntos Jurídicos del Ministerio de Economía. Entre 1989 y 1995 fue superintendente de Seguros de la Nación. En 1996 fue funcionario del gobierno bonaerense de Eduardo Duhalde, primero como presidente de Gerenciar S.A. y luego como vicepresidente del Grupo Bapro, hasta 1999.

En 2000 fue electo legislador de la Ciudad de Buenos Aires por la alianza Encuentro por la Ciudad, del exministro de Economía Domingo Cavallo.

En el 2003, Néstor Kirchner es elegido presidente y Fernández ocupó el cargo de jefe de Gabinete durante toda su gestión (2003-2007) hasta los primeros meses del gobierno de Cristina Kirchner donde renuncia luego de la “crisis del campo”, en julio del 2008.

En 2013 se suma al Frente Renovador. En 2015 colaboró en la campaña de la candidatura presidencial de Sergio Massa y en 2017 fue jefe de campaña de la candidatura a senador por Buenos Aires del exministro del Interior Florencio Randazzo por el Frente Justicialista Cumplir.

​ El 18 de mayo de 2019, Cristina Kirchner anunció la formula con Fernández como candidato a presidente y la ex mandatario como vice. Ganan las elecciones generales de octubre en representación del Frente de Todos contra el binomio Macri-Pichetto de Juntos por el Cambio por 48,10% a 40,37%.