El partido y el pueblo se formaron durante la época colonial en el antiguo "Pago de los Arrecifes", zona bañada por el río Arrecifes y sus afluentes. Lo que hoy es San Pedro estaba habitado, en tiempos de la colonia, por los indios querandíes de las tribus de los caciques Mañúa y Guren. La única prueba que se tiene de la denominación, mucho antes de que se pensara en su fundación (que inclusive no existió), es un documento de Indias fechado el 15 de diciembre de 1723 y dirigido al Rey Fernando VI, que reconoce al apostólico Dr. Francisco A. Goicochea para fundar un convento. En 1780 había sido fundado el curato de San Pedro y se había formado un núcleo de población en torno a la iglesia.